Объекты библиотек добавляются на диаграммы типов агентов так же, как и другие элементы палитры.
Если по какой-то причине вы больше не видите палитры библиотеки, то, значит, эта библиотека либо не загружена в рабочее пространство, либо ее палитра спрятана. Добавление библиотек в палитру AnyLogic описано здесь.
Когда вы создадите в вашей модели экземпляр библиотечного класса, эта библиотека будет автоматически добавлена в список библиотек, необходимых для успешного построения этой модели. Редактировать этот список можно в секции Зависимости панели свойств модели. Помимо библиотек, вы можете также указать здесь внешние jar файлы и каталоги классов, требуемые для построения модели.